Der Stechapfel ist ein Wärmekeimer, d. h. er braucht bestimmte Temperaturen, um mit dem Wachstum zu beginnen. Daher kommt er derzeit hauptsächlich in den warmen Tieflagen im nördlichen Burgenland und im östlichen Niederösterreich vor. Neben landwirtschaftlichen Flächen ist die Art auf Müllplätzen, Komposthaufen, städtischen Brachen oder aufgelassenen Gärten zu finden.
Im Zuge des Klimawandels dringt der Stechapfel immer weiter nach Westen vor. So konnten in den vergangenen Jahren Vorkommen in der Südoststeiermark und in Oberösterreich beobachten werden. Für Kärnten gibt es nur vereinzelte Nachweise in Äckern. Weiter im Westen ist es dem Stechapfel (noch) zu kalt.