Eine Desinfektionsmatte kann als Teil der Desinfektionsschleuse verwendet werden. Die Reifen von Fahrzeugen sollten jedoch vorher gereinigt werden, damit das Desinfektionsmittel seine Wirkung entfalten kann. Wichtig ist außerdem, dass das Desinfektionsmittel gegen MKS wirksam ist und regelmäßig gewechselt wird (gemäß Herstellerangaben, bei Verschmutzung, Verdünnung durch Regenwasser usw.). Die Matte selbst muss mindestens 3,5 Meter lang sein. Wenn es der Platz erlaubt, sollte sie 7 Meter lang sein, um zwei volle Reifenumdrehungen durch das Desinfektionsmittel zu ermöglichen. Die Reifen sollten vollständig mit Desinfektionsmittel bedeckt werden. Desinfektionssprühgeräte können zusätzlich zu den Desinfektionsmatten eingesetzt werden. Zur Desinfektion von Schuhen (z. B. Gummistiefeln) empfiehlt sich anstelle einer Matte eine tiefere Wanne, um eine bessere Abdeckung des Stiefels zu erreichen.

Die Deutsche Veterinärmedizinische Gesellschaft (DVG) prüft Desinfektionsmittel für den Einsatz in der Tierhaltung. Die geprüften Desinfektionsmittel sind in einer Datenbank zusammengefasst (MKS: Spalte 7a unbehüllte Viren)